世界で最も高い怪獣出現率を誇る日本は、致命的なモンスターの襲撃に慣れ親しんでいる。日本防衛軍は、怪獣の無力化を任務とする軍事組織である。怪獣の死体清掃員であるカフカ・ヒビノは、常に防衛軍に入隊することを夢見てきた。しかし、幼少期の夢を実現するチャンスが再び訪れたとき、彼は予期しない変身を遂げる。彼自身が怪獣になってしまった今、どうやって怪獣と戦うのか？識別クラスの怪獣たちが東部地区に集結する。防衛軍の主要メンバーを排除するために特別に設計されたこれらの怪獣は、すべての部隊を争いに引き込んでいる。一方、カフカは戦いの前にキコルに約束をする。それは一体何なのか？
世界で最も高い怪獣出現率を誇る日本は、致命的なモンスターの襲撃に慣れ親しんでいる。日本防衛軍は、怪獣の無力化を任務とする軍事組織だ。怪獣の死体清掃員であるヒビノ・カフカは、常にこの部隊に入隊することを夢見ていた。しかし、幼少期の夢を実現するチャンスを得たとき、彼は予期しない変身を遂げる。彼自身が怪獣になってしまった今、どうやって怪獣と戦うのか？アシロ・ミナは、立川での怪獣ナンバー9の出現により、その手に落ちてしまう。カフカは彼女を救出しようとするが、街のあちこちで大怪獣が出現し、彼の進行を妨げる。この問題に対処する中で、カフカは新たな怪獣の存在に気づき、これまで見たことのない存在が姿を現す！
史上初、6号の適合者となり訓練する市川レノ。そしてカフカは、保科から隊式格闘術を教わり、努力を続けていた。さらに防衛隊は、9号災害を予測し、各部隊の準備を進める。一方、鳴海はキコルに母の形見・識別怪獣兵器4号を使えるよう指示を出す。──次世代が動き出す、第九巻!!
防衛隊員選別試験の最終審査が終了した時、謎の人型怪獣が討伐したはずの本獣を蘇らせ、四ノ宮キコルら受験者たちに襲いかかる。キコル絶体絶命の時、怪獣に変身した日比野カフカが、本獣の前に現れる…！果たして人型怪獣の正体とは…？その目的とは…？――謎が深まる第二巻!!
識別怪獣兵器を使いこなすため、訓練を続ける市川レノ。怪獣討伐で、その成果を見せるテストが始まった。一方、レノの成長を目の当たりにした伊春は、自身の成績の伸び悩みに複雑な想いを抱く。そんな二人は怪獣討伐に挑むが、レノに異変が!? ──希望を見出す、第八巻!!
防衛隊員、市川・古橋を助ける為、怪獣に変身したカフカは、圧倒的な力で人型怪獣を叩きのめす。だが止めを刺す時、防衛隊員たちに発見され、人型怪獣に逃げられてしまう。目的を果たしたカフカが現場から離脱しようとした時、そこに保科副隊長の姿が…!? ──動乱極まる、第三巻!!